lncRNA測序

簡要描述：lncRNA測序：長鏈非編碼RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）一般是指長度大于200 nt的RNA，位于細胞核內(nèi)或胞漿中，不參與蛋白質(zhì)編碼功能，以RNA形式在多種層面上（表觀遺傳調(diào)控、轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等）調(diào)控基因的表達水平，在生命活動中具有重要作用。

更新時間：2022-12-22
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lncRNA測序

長鏈非編碼RNA測序（long non-coding RNA sequencing，lncRNA-Seq）是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度，對富集到的 RNA進行文庫構(gòu)建，再對高通量測序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中大部分的lncRNAs信息，對lncRNAs的類別、功能進行深入分析，從而快速準確地獲得與特定生物學(xué)過程（例如發(fā)育、**等）相關(guān) lncRNA信息。

數(shù)據(jù)分析內(nèi)容

標準分析項目

1) 去除接頭序列、低質(zhì)量序列，得到高質(zhì)量數(shù)據(jù)；

2) 與核糖體數(shù)據(jù)庫比對，去除核糖體RNA（rRNA）數(shù)據(jù)

3) 轉(zhuǎn)錄本組裝；

4) 鑒定已知轉(zhuǎn)錄本（包括已知lncRNA）和新轉(zhuǎn)錄本；

5) 預(yù)測新的lncRNA；

6) lncRNA定量及差異分析（需至少2個樣品）；

7) lncRNA差異表達模式聚類；

分析項目

基于互補序列的lncRNA-mRNA互作分析；

構(gòu)建重要的lncRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)圖；

網(wǎng)絡(luò)拓補學(xué)分析及網(wǎng)絡(luò)模塊分析；

功能富集分析；

ceRNA預(yù)測分析；

lncRNA測序樣品要求

1.樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。

2.樣品量：細胞樣品請?zhí)峁┲辽?×107個細胞，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，RNA樣品請?zhí)峁?0 μg以上的總RNA。

3.樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。

4.樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。

5.樣品運輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運輸。

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